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L'analyse fonctionnelle classique s'organise au fil des étapes suivantes :
1. Dans un premier survol, les caractéristiques potentiellement relevantes du patient, de son comportement et du contexte dans lequel il prend place sont identifiées pour réunir les données à partir desquelles une analyse pourra s'ébaucher. Ce qui va précisément se passer dans cette première étape sera dicté par les présupposés philosophiques et théoriques (habituellement implicites) du clinicien et des préjugés informels basés sur les informations déjà obtenues (qu'elles aient été données par un le collègue qui lui a éventuellement adressé le cas ou obtenues lors d'un entretien préliminaire).
2. Les informations réunies dans la première étapes sont organisées de manière à former une analyse préliminaire des difficultés du patient en termes de principes comportementaux afin d'identifier des relations causales importantes susceptibles d'être modifiées. Le processus de l'analyse fonctionnelle a été comparé à un entonnoir (Hawkins, 1979). Dans la deuxième étape d'une analyse fonctionnelle traditionnelle, le clinicien va resserrer le champ de son évaluation. Certains aspects (par exemple la forme d'un comportement, des opérations motivationnelles, le contexte dans lequel le comportement est émis) sont privilégiés par rapport à d'autres et les caractéristiques du cas sont organisées en classes. Cette analyse s'oriente en fonction de principes comportementaux, l'accent n'étant pas tant mis sur la structure des phénomènes observés mais davantage sur leur fonction, sur la manière dont ils interviennent dans la dynamique d'un système.
3. Dans la troisième étape, des informations supplémentaires basées sur l'analyse articulée lors de la deuxième étape sont réunies et une analyse conceptuelle est finalisée. Des outils spécifiques d'évaluation peuvent être appliqués ou créés pour les besoins du cas en fonction de l'analyse préliminaire effectuée lors de l'étape 2, qui s'en trouvera affinée voire modifiée jusqu'au moment où le clinicien disposera d'une analyse conceptuelle stable de la relation entre les actions du patient et leur contexte, de données mesurées relatives aux composantes primaires de cette analyse et des outils nécessaires pour l'évaluation de l'évolution du cas.
4. Mise au point d'une intervention basées sur l'analyse résultant de l'étape 3. Une des caractéristiques principales de l'approche comportementale réside dans le lien étroit (au moins conceptuel quand il n'est pas empirique) entre évaluation et traitement. Comme les principes comportementaux sont explicitement pragmatiques (c'est le fait que leur mise en oeuvre a permis de prédire et d'influencer des comportements qui en garantit habituellement la validité), l'analyse fonctionnelle pointe souvent les événements concrets de la vie du patient qui ont établi et qui maintiennent le problème auquel on s'intéresse. Quand ces événements sont accessibles à une manipulation à la portée du travail clinique, l'analyse fonctionnelle est complétée par la définition d'une intervention spécifique. Ainsi, la 4e étape consiste à élaborer un traitement basé sur la 3e étape.
5. Mise en oeuvre du traitement, évaluation des changements intervenus. Pour la plupart des cliniciens comportementalistes, l'évaluation n'intervient pas qu'au début du traitement, c'est plutôt un processus continu et l'analyse fonctionnelle intègre ainsi une évaluation permanente des progrès du patient.
6. Si le résultat n'es pas conforme à ce qu'on attendait, on reviendra à l'étape 2 ou à l'étape 3. L'échec d'une intervention thérapeutique est habituellement considéré comme signalant des défauts dans l'analyse fonctionnelle qui a servi à l'élaborer et qui devra alors être corrigée. Il suffira parfois d'y apporter des changements mineurs mais il faudra parfois aussi la revoir complètement.
ACT et la TCR sont entièrement compatibles avec l'approche que nous venons de décrire. La TCR offre une analyse fonctionnelle générale des opérants relationnels et ACT une analyse fonctionnelle générale de leur impact, qui doivent cependant toujours être intégrées dans une analyse fonctionnelle globale du problème présenté, dont certains aspects peuvent découler de contingences directes.