L'adoption par les psychologues cognitivistes d'un modèle théorique plus souple faisant appel à des structures internes hypothétiques a permis la transition de la première à la deuxième vague des thérapies comportementales. Pour Franks et Wilson (1974, p. 7) "on peut étudier des processus ou des événements inférés et rester fidèle aux principes du behaviorisme pour autant que ces événements ou ces processus comportent des référents mesurables et opérationnels.”
Comme certaines types d'erreurs cognitives paraissaient caractériser certains groupes de patients, des recherches ont été développées pour identifier directement les erreurs en question ainsi que les méthodes nécessaires pour les corriger. Certains thèmes principaux de la première vague des thérapies du comportement ont été conservés dans la deuxième, en particulier l'accent mis sur des changements dans le contenu ou ce qui a parfois été appelé des "changements de premier ordre". De la même manière que les praticiens de la première vague s'efforçaient de remplacer l'anxiété par un état de relaxation, les thérapeutes de la deuxième vague ont cherché à affaiblir ou à éliminer les pensées irrationnelles, les schémas cognitifs pathologiques ou les styles de traitement de l'information erronés en insistant sur leur détection, leur correction, leur mise à l'épreuve et leur réfutation (...) Quand bien même l'accent était désormais mis sur les concepts cognitifs au détriment des principes comportementaux, rien ne semblait empêcher l'utilisation de méthodes empiriquement validées destinées à obtenir des changements de premier ordre touchant les comportements ouverts, les émotions, et les cognitions en fonctions des préférences du praticien et de la situation particulière à laquelle il se trouvait confronté. Dans ce sens, la deuxième vague a dans une large mesure assimilé la première. (Hayes, 2004 p.642-643)